Ценообразование товара производится с учетом всех правил и ограничений наценок (в том числе - для специфических групп товаров) в полуавтоматическом или, после выбора и настройки схемы ценообразования, в автоматическом режиме. Для этого пользователь системы формирует справочник групп товаров (лечебная косметика, травы и т.п.), для каждой из которых определяется свой процент наценки.

Модели ценообразования отличаются методом расчета розничной или оптовой наценки. В них учтены особенности конфигурации системы клиента (сеть розничных аптек, автономная аптека или оптовый склад и т.д.), а также региональные особенности ценообразования. Принцип расчета цен товара при этом остается одинаковым - при вводе нового или редактировании старого значения в строке документа, которое влияет на цены или наценки товара, выводится метод расчета цен с указанием кода измененного значения. Результатом работы вызванного метода является пересчет в строке документа тех ценовых значений товара, на которые влияет измененное значение. 

Медицинские товары в АСУ "М-АПТЕКА плюс" делятся на группы и спецгруппы. К какой группе или спецгруппе относится медпрепарат, пользователь определяет самостоятельно.

В настройках ценообразования есть возможность каждой спецгруппе поставить свой процент торговой наценки. В зависимости от категории товара (розничный или оптовый) для одной и той же спецгруппы может быть установлена разная наценка. Это позволяет гибко настроить формирование цен товара аптеки.  

Существует возможность дополнительной настройки схемы ценообразования. Например: «Формировать цену по последнему приходу», «Использовать округление розничной цены», «Проверять тип поставщика для расчёта % розничной наценки» и другие. Данные настройки позволяют определять схему ценообразования с учётом особенностей предприятия.