Существует несколько вариантов проведения инвентаризации: как по всему аптечному предприятию, так и по каждому отделу в отдельности, а также по выбранному списку товаров. Инвентаризация может проводиться с использованием сканеров штрих-кода: основных (стационарных), мобильных, а так же - радиосканеров.

В процессе инвентаризации все товары сканируются по установленному алгоритму (возможно проведение инвентаризации параллельно в различных отделах), после чего данные сливаются воедино. По закладке «расхождение» выявляются излишки и недосдача. После окончательной сверки существует возможность корректировки данных.

По итогам инвентаризации формируются все необходимые по законодательству документы. На основании данных документов корректируются остатки.